HACCP ar trebui aplicat de la fermă până la consumator, cu controale stricte pe întreg lanțul de producție, transport și depozitare, până la manipularea și prepararea finală a alimentelor. Unul din principiile de baza ale programelor SMSA si HACCP este cel al trasabilității. Trasabilitate are rolul de a urmări produsul alimentar de la ferma unde i se aloca un cod denumit număr de lot. Pe baza acestei informați se poate reconstitui tot lantul de productie de la alimentul final pana la fermier.