Deși consumatorii sunt adesea preocupați de reziduurile chimice din pesticide sau antibiotice, pericolele cele mai semnificative în industria alimentară sunt microbiologice, cum ar fi Salmonella, E. coli O157:H7, Listeria, Campylobacter și Clostridium botulinum. HACCP se concentrează pe controlul acestor pericole majore.